Daļa no Latvijas Zivju resursu aģentūras funkcijām pāriet Zemkopības ministrijai (zvejas pārvaldības jomā: limitu piešķiršana, nozvejas limitu pārdale, starpvalstu kvotu apmaiņa, speciālo atļauju (licenču) izsniegšana, rūpnieciskās zvejas nomas līgumu noslēgšana,  zivju pircēju reģistrācijas apliecību izsniegšana u.c.) un Lauku atbalsta dienestam (Zivju fonda līdzekļu administrēšana).